El objetivo del programa de Doctorado en Ciencias Aplicadas con mención en Ingeniería Matemática es formar personal altamente calificado en métodos matemáticos y métodos numéricos y computacionales, destinado a la investigación aplicada originada por problemas provenientes de la industria y de las ciencias de la ingeniería. Crear y fortalecer equipos de investigación interdisciplinaria que contribuyan al avance y transmisión de conocimientos en áreas de la investigación aplicada basada en la modelación matemática y simulación computacional. Crear y fortalecer equipos de investigación en líneas de la Matemática que tienen una fuerte tendencia hacia las aplicaciones y en especial hacia el uso de métodos computacionales.
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